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'''Treffen''' 2017-05-03, 10.30 Uhr am SNSB IT-Zentrum
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File:GFBio-WP5-Archiving-OAIS-Grafik.png
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'''Thema''' ZSM Projekte Hymenoptera, Datenkuration
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Sicherheitskopie aus GFBio Wiki'''
  
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'''Teilnehmer''' Veronica Sanz, Stefan Schmidt, Stefan Seifert, Dagmar Triebel, Tanja Weibulat, Markus Weiss
 
  
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===Ort===
  
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[http://www.snsb.info/ SNSB IT Center] München, Menzinger Straße 67, rechter Gebäudeflügel, Parterre, Raum 035
  
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TOP 1. Projekt: Kastendigitalisierung und Identifiers
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===Datum und Zeit===
  
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* http://species-id.net/o/media/e/ec/Gloeckler_use_cases_of_stable_URIs.pdf
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7. Juli 2017, 11.00 Uhr bis 16.30 Uhr
  
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* Grafik zur Datenpipeline (ppt 8) in http://species-id.net/o/media/0/04/ISTC_2017_Triebel_GFBio.pdf
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===Teilnehmer===
  
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Gäste: Thomas Köhler (erkrankt), Gerhard Rambold (Universität Bayreuth, [http://liasgtm.lias.net/gtm.php LIAS gtm], NavKey)
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Michael Mattig, Bernhard Seeger (Universität Marburg, [https://www.gfbio.org/data/visualizeandanalyze VAT-Tool])
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Anton Link (erkrankt), Dieter Neubacher, Wolfgang Reichert (nachmittags), Veronica Sanz, Stefan Seifert, Dagmar Triebel, Tanja Weibulat (SNSB IT Center, DiversityDescriptions, SDD Data-Pipelines für GFBio, [http://www.deemy.de/ DEEMY])
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Protokoll: Tanja Weibulat
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===Thema===
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Anhand von publizierten funktionellen und phylogenetischen Trait-Daten (nach EML bzw. SDD strukturiert und als csv oder xml verfügbar) soll die informationstechnische Seite der Visualisierung und Analyse derartiger Datenquellen besprochen werden.
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Wegen Terminüberschneidungen organisiert Frau Gerstner ein zweites Treffen in München am 11.7., dann mit Robert Huber und Entwicklern in München.
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Sie stellt aber trotzdem Material und Vortrag zu EML für den 7.7. bereit.
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===Agenda===
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* ab 10.30 Uhr Eintreffen der Teilnehmer
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* 11.00 Begrüßung (D. Triebel)
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* 11.05 Uhr Demo des GFBio VAT Tools, mögliche Interoperabilität mit SDD und EML (M. Mattig, B. Seeger)
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* 11.45 Uhr Demo von DEEMY Portal mit NaviKey Applet zur Merkmalsauswahl und interaktiven Identifikation (G. Rambold, D. Triebel)
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* 12.00 Uhr DEEMY und BEF China, Beispiele für Datenmanagement in DiversityDescriptions (V. Sanz)
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* 12.15 Uhr Demo von LIAS gtm, Daten-Export als csv, Erörterung einer möglichen Datenbereitstellung der Exporte für das GFBio VAT Tool (G. Rambold)
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* 12.45 Uhr Mittagspause, Café Botanischer Garten
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* 13.30 Uhr Datenmanagement mit DiversityDescriptions, Pipelines zum Datenimport z. B. als csv, und Datenexport, Datenpublikation, SDD xml-Archive im GFBio Wiki (DEEMY html, SDD-structured xml, DELTA) (V. Sanz)
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* 14.00 Uhr Community Standard SDD und Community Standard EML (D. Triebel)
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* 14.15 Uhr Datenmanagement ökologischer Datenpakete mit Morpho; Datenbereitstellung als EML für GFBio VAT Tool mit MetaCat über SGN Webserver (T. Weibulat in Vertretung von E.-M. Gerstner)
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* 14.45 Uhr Diskussion über Möglichkeiten der Datenbereitstellung für GFBio VAT Tool über Daten-Pipelines aus DiversityProjects + DiversityDescriptions-Installationen; GFBio Datenpakete mit GFBio Submission Meta-Information nach ?? ABCD oder ?? EML oder ?? SDD-Standard als xml-Archive angeboten über SNSB Webserver? Welche Meta-Informationen braucht das VAT Tool?
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* 15.15 Uhr Kaffeepause
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* 15.45 Uhr Abschlussdiskussion und angestrebte Kooperationen, inkl. Diskussion über SDD-EML-OAI-PMH Mapping und Conversion Tools? ToDos - GFBio Phase III?
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* 16.30 Uhr Ende
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===Links===
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*[https://gfbio.biowikifarm.net/wiki/Technical_documentation_of_management_systems,_data_processing_and_publication_tools_not_specialised_on_collection_data Technische Dokumentation von DiversityDescriptions, DiversityProjects, MetaCat und Morpho im GFBio Kontext]
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*[https://gfbio.biowikifarm.net/wiki/Data_exchange_standards,_protocols_and_formats_relevant_for_the_collection_data_domain_within_the_GFBio_network Community Standards EML und SDD im GFBio Kontext]
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*[https://knb.ecoinformatics.org/#external//emlparser/docs/eml-2.1.1/eml-faq.html EML FAQs]
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*[https://knb.ecoinformatics.org/#external//emlparser/docs/eml-2.1.1/./index.html EML Specifications]
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*[http://www.deemy.de/Identification/Navikey/index.html DEEMY – NaviKey JAVA Applet]
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*[http://liaslight.lias.net/Identification/Navikey/World/en_GB/index.html LIAS – NaviKey JAVA Applet]
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*GFBio intern: [https://gfbio.biowikifarm.net/internal/GFBio_collection_archives_-_SDD_DIPs GFBio SDD DIPs als xml-Archive]
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*GFBio intern: [https://gfbio.biowikifarm.net/internal/EML_to_PanSimple_Mapping EML to PanSimple Mapping]
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*GFBio intern: [https://gfbio.biowikifarm.net/internal/Treffen_zu_EML-_bzw._SDD-strukturierten_Daten_II Treffen zu EML- bzw. SDD-strukturierten Daten II]
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===References===
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*Authmann C., Beilschmidt C., Drönner J., Mattig M. & Seeger B. (2015). VAT: A System for Visualizing, Analyzing and Transforming Spatial Data in Science. Datenbank-Spektrum 15(3): 175-184 ([http://dx.doi.org/10.1007/s13222-015-0197-y doi:10.1007/s13222-015-0197-y])
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*Rambold, G., Zedda, L., Coyle, J., Peršoh, D., Köhler, T., Triebel, D. (2016). Geographic heat maps of lichen traits derived by combining LIAS light description and GBIF occurrence data, provided on a new platform. – Biodiversity and Conservation 25(13): 2743–2751. ([http://dx.doi.org/10.1007/s10531-016-1199-2 doi:10.1007/s10531-016-1199-2])
  
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* GUIDs und andere IDs werden in DiversityProjects_ZSM und DiversityCollection_ZSM verwaltet, zusammen mit zusätzlichen internen und externen IDs (z.B. BOLD BINs) in Tabelle
 
  
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* GUID auf Dataset-Ebene: http://id.snsb.info/zsm/projects_zsm/927
 
  
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* GUID auf Unit-Ebene für Beobachtungsdaten (Bsp. HYMIScoll): http://id.snsb.info/zsm/collection_zsm/558655/624852
 
  
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* GUID auf Unit-Ebene für Sammlungsdaten (Bsp. ZSMhymenopteracoll, Drawer, Artenblock und Specimen): http://id.snsb.info/zsm/collection_zsm/557696/623552/515493
 
  
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* QR-Code, i. e. Inventarnummer, auf Kasten-Ebene: http://id.snsb.info/zsm/collection_zsm/ZSM-HYM-DR-005/623552/515493 oder '''ZSM-HYM-DR-0005'''
 
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** http://id.snsb.info/zsm/collection_zsm/collection/34
 
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* QR-Code, i. e. Inventarnummer, auf Ebene von Artenblöcken "Specimen Group": http://id.snsb.info/zsm/collection_zsm/ZSM-HYM-SG-123456/623552/515493 oder '''ZSM-HYM-SG-123456'''
 
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** http://id.snsb.info/zsm/collection_zsm/collection/3445
 
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* QR-Code,  i. e. Inventarnummer, auf Unit-Ebene für einzelnes Sammlungsobjekt/Insekt "Specimen": http://id.snsb.info/zsm/collection_zsm/ZSM-HYM-SP-789123/623552/515493 oder '''ZSM-HYM-SP-789123'''
 
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** http://id.snsb.info/zsm/collection_zsm/99
 
  
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TOP 2. Projekt HYMIScoll? Projekt ZSMhymenopteracoll?
 
  
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Bilder in HYMIScoll vorhanden in Test-Version der BioCAse Anbindung; dort aber noch nicht alle Informationen vorhanden, speziell die GUID ist noch nicht korrekt
 
  
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im Projekt ZSMhymenopteracoll fehlt noch die Entscheidung für Akzessionsnummer auf den 3 Ebenen
 
  
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zusätzlich, falls Zeit?
 
  
  
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TOP 3. DTN Projekt Hymenoptera GBOL Taxonliste mit Rote Liste Deutschland 2009ff Information
 
  
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DTN Client
 
  
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http://www.diversitymobile.net/wiki/About_%22Taxon_list_of_Hymenoptera_from_Germany_compiled_in_the_context_of_the_GBOL_project%22
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Vielleicht an GBIF anbinden?
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BSM Treffen zur Vorbereitung der Nomenclature Section, Shenzhen, China, August 2017: Agenda transfered to Word file
  
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http://www.gbif.org/installation/1a540a73-a60d-4816-bff6-b1ac74b598c9
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SNSB IT Center/ ZSM entomology meeting: Agenda and minutes transfered to http://zsm-entomology.de/wiki/Meeting-2017-05-03

Latest revision as of 12:14, 6 July 2017

  • GFBio-WP5-Archiving-OAIS-Grafik.png
  • GFBio logo claim png.png

Sicherheitskopie aus GFBio Wiki


Ort

SNSB IT Center München, Menzinger Straße 67, rechter Gebäudeflügel, Parterre, Raum 035

Datum und Zeit

7. Juli 2017, 11.00 Uhr bis 16.30 Uhr

Teilnehmer

Gäste: Thomas Köhler (erkrankt), Gerhard Rambold (Universität Bayreuth, LIAS gtm, NavKey)

Michael Mattig, Bernhard Seeger (Universität Marburg, VAT-Tool)

Anton Link (erkrankt), Dieter Neubacher, Wolfgang Reichert (nachmittags), Veronica Sanz, Stefan Seifert, Dagmar Triebel, Tanja Weibulat (SNSB IT Center, DiversityDescriptions, SDD Data-Pipelines für GFBio, DEEMY)

Protokoll: Tanja Weibulat

Thema

Anhand von publizierten funktionellen und phylogenetischen Trait-Daten (nach EML bzw. SDD strukturiert und als csv oder xml verfügbar) soll die informationstechnische Seite der Visualisierung und Analyse derartiger Datenquellen besprochen werden.

Wegen Terminüberschneidungen organisiert Frau Gerstner ein zweites Treffen in München am 11.7., dann mit Robert Huber und Entwicklern in München.

Sie stellt aber trotzdem Material und Vortrag zu EML für den 7.7. bereit.

Agenda

  • ab 10.30 Uhr Eintreffen der Teilnehmer
  • 11.00 Begrüßung (D. Triebel)
  • 11.05 Uhr Demo des GFBio VAT Tools, mögliche Interoperabilität mit SDD und EML (M. Mattig, B. Seeger)
  • 11.45 Uhr Demo von DEEMY Portal mit NaviKey Applet zur Merkmalsauswahl und interaktiven Identifikation (G. Rambold, D. Triebel)
  • 12.00 Uhr DEEMY und BEF China, Beispiele für Datenmanagement in DiversityDescriptions (V. Sanz)
  • 12.15 Uhr Demo von LIAS gtm, Daten-Export als csv, Erörterung einer möglichen Datenbereitstellung der Exporte für das GFBio VAT Tool (G. Rambold)
  • 12.45 Uhr Mittagspause, Café Botanischer Garten
  • 13.30 Uhr Datenmanagement mit DiversityDescriptions, Pipelines zum Datenimport z. B. als csv, und Datenexport, Datenpublikation, SDD xml-Archive im GFBio Wiki (DEEMY html, SDD-structured xml, DELTA) (V. Sanz)
  • 14.00 Uhr Community Standard SDD und Community Standard EML (D. Triebel)
  • 14.15 Uhr Datenmanagement ökologischer Datenpakete mit Morpho; Datenbereitstellung als EML für GFBio VAT Tool mit MetaCat über SGN Webserver (T. Weibulat in Vertretung von E.-M. Gerstner)
  • 14.45 Uhr Diskussion über Möglichkeiten der Datenbereitstellung für GFBio VAT Tool über Daten-Pipelines aus DiversityProjects + DiversityDescriptions-Installationen; GFBio Datenpakete mit GFBio Submission Meta-Information nach ?? ABCD oder ?? EML oder ?? SDD-Standard als xml-Archive angeboten über SNSB Webserver? Welche Meta-Informationen braucht das VAT Tool?
  • 15.15 Uhr Kaffeepause
  • 15.45 Uhr Abschlussdiskussion und angestrebte Kooperationen, inkl. Diskussion über SDD-EML-OAI-PMH Mapping und Conversion Tools? ToDos - GFBio Phase III?
  • 16.30 Uhr Ende


Links

References

  • Authmann C., Beilschmidt C., Drönner J., Mattig M. & Seeger B. (2015). VAT: A System for Visualizing, Analyzing and Transforming Spatial Data in Science. Datenbank-Spektrum 15(3): 175-184 (doi:10.1007/s13222-015-0197-y)
  • Rambold, G., Zedda, L., Coyle, J., Peršoh, D., Köhler, T., Triebel, D. (2016). Geographic heat maps of lichen traits derived by combining LIAS light description and GBIF occurrence data, provided on a new platform. – Biodiversity and Conservation 25(13): 2743–2751. (doi:10.1007/s10531-016-1199-2)









BSM Treffen zur Vorbereitung der Nomenclature Section, Shenzhen, China, August 2017: Agenda transfered to Word file

SNSB IT Center/ ZSM entomology meeting: Agenda and minutes transfered to http://zsm-entomology.de/wiki/Meeting-2017-05-03

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