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Sicherheitskopie aus GFBio Wiki

Ort

SNSB IT Center München, Menzinger Straße 67, rechter Gebäudeflügel, Parterre, Raum 035

Datum und Zeit

7. Juli 2017, 11.00 Uhr bis 16.30 Uhr

Teilnehmer

Gäste: Thomas Köhler (erkrankt), Gerhard Rambold (Universität Bayreuth, LIAS gtm, NavKey)

Michael Mattig, Bernhard Seeger (Universität Marburg, VAT-Tool)

Anton Link (erkrankt), Dieter Neubacher, Wolfgang Reichert (nachmittags), Veronica Sanz, Stefan Seifert, Dagmar Triebel, Tanja Weibulat (SNSB IT Center, DiversityDescriptions, SDD Data-Pipelines für GFBio, DEEMY)

Protokoll: Tanja Weibulat

Thema

Anhand von publizierten funktionellen und phylogenetischen Trait-Daten (nach EML bzw. SDD strukturiert und als csv oder xml verfügbar) soll die informationstechnische Seite der Visualisierung und Analyse derartiger Datenquellen besprochen werden.

Wegen Terminüberschneidungen organisiert Frau Gerstner ein zweites Treffen in München am 11.7., dann mit Robert Huber und Entwicklern in München.

Sie stellt aber trotzdem Material und Vortrag zu EML für den 7.7. bereit.

Agenda

ab 10.30 Uhr Eintreffen der Teilnehmer
11.00 Begrüßung (D. Triebel)
11.05 Uhr Demo des GFBio VAT Tools, mögliche Interoperabilität mit SDD und EML (M. Mattig, B. Seeger)
11.45 Uhr Demo von DEEMY Portal mit NaviKey Applet zur Merkmalsauswahl und interaktiven Identifikation (G. Rambold, D. Triebel)
12.00 Uhr DEEMY und BEF China, Beispiele für Datenmanagement in DiversityDescriptions (V. Sanz)
12.15 Uhr Demo von LIAS gtm, Daten-Export als csv, Erörterung einer möglichen Datenbereitstellung der Exporte für das GFBio VAT Tool (G. Rambold)
12.45 Uhr Mittagspause, Café Botanischer Garten
13.30 Uhr Datenmanagement mit DiversityDescriptions, Pipelines zum Datenimport z. B. als csv, und Datenexport, Datenpublikation, SDD xml-Archive im GFBio Wiki (DEEMY html, SDD-structured xml, DELTA) (V. Sanz)
14.00 Uhr Community Standard SDD und Community Standard EML (D. Triebel)
14.15 Uhr Datenmanagement ökologischer Datenpakete mit Morpho; Datenbereitstellung als EML für GFBio VAT Tool mit MetaCat über SGN Webserver (T. Weibulat in Vertretung von E.-M. Gerstner)
14.45 Uhr Diskussion über Möglichkeiten der Datenbereitstellung für GFBio VAT Tool über Daten-Pipelines aus DiversityProjects + DiversityDescriptions-Installationen; GFBio Datenpakete mit GFBio Submission Meta-Information nach ?? ABCD oder ?? EML oder ?? SDD-Standard als xml-Archive angeboten über SNSB Webserver? Welche Meta-Informationen braucht das VAT Tool?
15.15 Uhr Kaffeepause
15.45 Uhr Abschlussdiskussion und angestrebte Kooperationen, inkl. Diskussion über SDD-EML-OAI-PMH Mapping und Conversion Tools? ToDos - GFBio Phase III?
16.30 Uhr Ende

Links

Technische Dokumentation von DiversityDescriptions, DiversityProjects, MetaCat und Morpho im GFBio Kontext

Community Standards EML und SDD im GFBio Kontext

EML FAQs

EML Specifications

DEEMY – NaviKey JAVA Applet

LIAS – NaviKey JAVA Applet

GFBio intern: GFBio SDD DIPs als xml-Archive

GFBio intern: EML to PanSimple Mapping

GFBio intern: Treffen zu EML- bzw. SDD-strukturierten Daten II

References

Authmann C., Beilschmidt C., Drönner J., Mattig M. & Seeger B. (2015). VAT: A System for Visualizing, Analyzing and Transforming Spatial Data in Science. Datenbank-Spektrum 15(3): 175-184 (doi:10.1007/s13222-015-0197-y)

Rambold, G., Zedda, L., Coyle, J., Peršoh, D., Köhler, T., Triebel, D. (2016). Geographic heat maps of lichen traits derived by combining LIAS light description and GBIF occurrence data, provided on a new platform. – Biodiversity and Conservation 25(13): 2743–2751. (doi:10.1007/s10531-016-1199-2)

BSM Treffen zur Vorbereitung der Nomenclature Section, Shenzhen, China, August 2017: Agenda transfered to Word file

SNSB IT Center/ ZSM entomology meeting: Agenda and minutes transfered to http://zsm-entomology.de/wiki/Meeting-2017-05-03

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-bitte neue Wiki-Seite unter
+<gallery style="float:right">
+File:GFBio-WP5-Archiving-OAIS-Grafik.png
+File:GFBio_logo_claim_png.png
+</gallery>
+'''
+Sicherheitskopie aus GFBio Wiki'''
-Seitentitel vielleicht: "Kastendigitalisierung ZSM mit Datenmanagement in der Diversity Workbench, Identifiers"
+===Ort===
-=Treffen zum Thema Kastendigitalisierung mit Datenmanagement in der Diversity Workbench, Identifiers=
+[http://www.snsb.info/ SNSB IT Center] München, Menzinger Straße 67, rechter Gebäudeflügel, Parterre, Raum 035
-Zeit: 2017-05-03, 10.30 Uhr bis 12.00 Uhr
+===Datum und Zeit===
-'''Teilnehmer''' Veronica Sanz, Stefan Schmidt, Stefan Seifert, Dagmar Triebel, Tanja Weibulat, Markus Weiss
+. Juli 2017, 11.00 Uhr bis 16.30 Uhr
-Ort: SNSB IT-Zentrum
+===Teilnehmer===
-== Protokoll ==
+Gäste: Thomas Köhler (erkrankt), Gerhard Rambold (Universität Bayreuth, [http://liasgtm.lias.net/gtm.php LIAS gtm], NavKey)
+Michael Mattig, Bernhard Seeger (Universität Marburg, [https://www.gfbio.org/data/visualizeandanalyze VAT-Tool])
-=== TOP 1. ZSM-Projekt: Kastendigitalisierung und Identifiers ===
+Anton Link (erkrankt), Dieter Neubacher, Wolfgang Reichert (nachmittags), Veronica Sanz, Stefan Seifert, Dagmar Triebel, Tanja Weibulat (SNSB IT Center, DiversityDescriptions, SDD Data-Pipelines für GFBio, [http://www.deemy.de/ DEEMY])
+Protokoll: Tanja Weibulat
-'''Struktur:'''<br>
+===Thema===
-Es gibt Kästen -> angelegt im Bereich Collection<br>
-Darin die einzelnen Artenblöcke -> angelegt im Bereich Collection<br>
-Je Artenblock virtuelle Unterblöcke (in der Kombination Art + Geographie; diese Gruppierungen sind jedoch nicht sichtbar, da innerhalb der Artenblöcke die einzelnen Individuen nicht geordnet sind) -> angelegt als einzelne Records<br>
-Manchmal werden noch einzelne Specimens aufgenommen -> angelegt als einzelne Records<br>
-Unterblöcke und Specimens werden für wissenschaftliche Portale prozessiert.<br>
+Anhand von publizierten funktionellen und phylogenetischen Trait-Daten (nach EML bzw. SDD strukturiert und als csv oder xml verfügbar) soll die informationstechnische Seite der Visualisierung und Analyse derartiger Datenquellen besprochen werden.
-'''Bilder:''' <br>
+Wegen Terminüberschneidungen organisiert Frau Gerstner ein zweites Treffen in München am 11.7., dann mit Robert Huber und Entwicklern in München.
-Es gibt Bild von dem Kasten -> wird diesem sowie den Unterblöcken zugeordnet<br>
-Es gibt Bild von dem Artenblock -> wird diesem sowie den Unterblöcken zugeordnet<br>
-Es gibt keine Bilder von den Unterblöcken.<br>
-Es gibt Bilder der einzelnen Specimen, die diesen zugeordnet werden.<br>
+Sie stellt aber trotzdem Material und Vortrag zu EML für den 7.7. bereit.
-'''GUIDs:''' <br>
+===Agenda===
-* GUID auf Dataset-Ebene: http://id.snsb.info/zsm/projects_zsm/927
+* ab 10.30 Uhr Eintreffen der Teilnehmer
+* 11.00 Begrüßung (D. Triebel)
+* 11.05 Uhr Demo des GFBio VAT Tools, mögliche Interoperabilität mit SDD und EML (M. Mattig, B. Seeger)
+* 11.45 Uhr Demo von DEEMY Portal mit NaviKey Applet zur Merkmalsauswahl und interaktiven Identifikation (G. Rambold, D. Triebel)
+* 12.00 Uhr DEEMY und BEF China, Beispiele für Datenmanagement in DiversityDescriptions (V. Sanz)
+* 12.15 Uhr Demo von LIAS gtm, Daten-Export als csv, Erörterung einer möglichen Datenbereitstellung der Exporte für das GFBio VAT Tool (G. Rambold)
+* 12.45 Uhr Mittagspause, Café Botanischer Garten
+* 13.30 Uhr Datenmanagement mit DiversityDescriptions, Pipelines zum Datenimport z. B. als csv, und Datenexport, Datenpublikation, SDD xml-Archive im GFBio Wiki (DEEMY html, SDD-structured xml, DELTA) (V. Sanz)
+* 14.00 Uhr Community Standard SDD und Community Standard EML (D. Triebel)
+* 14.15 Uhr Datenmanagement ökologischer Datenpakete mit Morpho; Datenbereitstellung als EML für GFBio VAT Tool mit MetaCat über SGN Webserver (T. Weibulat in Vertretung von E.-M. Gerstner)
+* 14.45 Uhr Diskussion über Möglichkeiten der Datenbereitstellung für GFBio VAT Tool über Daten-Pipelines aus DiversityProjects + DiversityDescriptions-Installationen; GFBio Datenpakete mit GFBio Submission Meta-Information nach ?? ABCD oder ?? EML oder ?? SDD-Standard als xml-Archive angeboten über SNSB Webserver? Welche Meta-Informationen braucht das VAT Tool?
+* 15.15 Uhr Kaffeepause
+* 15.45 Uhr Abschlussdiskussion und angestrebte Kooperationen, inkl. Diskussion über SDD-EML-OAI-PMH Mapping und Conversion Tools? ToDos - GFBio Phase III?
+* 16.30 Uhr Ende
+<br />
-* GUID auf Unit-Ebene für Beobachtungsdaten (Bsp. HYMIScoll): http://id.snsb.info/zsm/collection_zsm/558655/624852
+===Links===
-* GUID auf Unit-Ebene für Sammlungsdaten (Bsp. ZSMhymenopteracoll, Specimens und Unterblöcke): http://id.snsb.info/zsm/collection_zsm/557696/623552/515493
+*[https://gfbio.biowikifarm.net/wiki/Technical_documentation_of_management_systems,_data_processing_and_publication_tools_not_specialised_on_collection_data Technische Dokumentation von DiversityDescriptions, DiversityProjects, MetaCat und Morpho im GFBio Kontext]
-* GUID auf Kasten-Ebene (auch für Artenblöcke, also alles was in Datenbank-Tabelle "Collection" eingetragen wird): http://id.snsb.info/zsm/collection_zsm/collection/12345 (wird derzeit nicht zur Publikation über Portale promotet, da Inhalte bezogen auf Einzelobjekte nicht stabil; Versionierung nötig)
+*[https://gfbio.biowikifarm.net/wiki/Data_exchange_standards,_protocols_and_formats_relevant_for_the_collection_data_domain_within_the_GFBio_network Community Standards EML und SDD im GFBio Kontext]
+*[https://knb.ecoinformatics.org/#external//emlparser/docs/eml-2.1.1/eml-faq.html EML FAQs]
-'''Akzessionsnummern:''' <br>
+*[https://knb.ecoinformatics.org/#external//emlparser/docs/eml-2.1.1/./index.html EML Specifications]
-QR-Codes sollen nur die Acc.Nr. enthalten, nicht den ganzen Link. Sie werden auf zwei Ebenen geklebt: Auf den Kasten plus evtl. bei einzelnen Individuen.
+*[http://www.deemy.de/Identification/Navikey/index.html DEEMY – NaviKey JAVA Applet]
-*'''ZSM-HD-0000001''' (HymenopteraDrawer) (bei den Kästen 7-stellig)
+*[http://liaslight.lias.net/Identification/Navikey/World/en_GB/index.html LIAS – NaviKey JAVA Applet]
-*'''ZSM-LD-0000001''' (LepidopteraDrawer)
+*GFBio intern: [https://gfbio.biowikifarm.net/internal/GFBio_collection_archives_-_SDD_DIPs GFBio SDD DIPs als xml-Archive]
-*'''ZSM-CD-0000001''' (ColeopteraDrawer)
+*GFBio intern: [https://gfbio.biowikifarm.net/internal/EML_to_PanSimple_Mapping EML to PanSimple Mapping]
-*'''ZSM-HYM-123456''' (einzelnes Hymenoptera-Specimen) (exakte Nummernlänge momentan noch unbekannt, 6 oder 7-stellig vorgesehen)
+*GFBio intern: [https://gfbio.biowikifarm.net/internal/Treffen_zu_EML-_bzw._SDD-strukturierten_Daten_II Treffen zu EML- bzw. SDD-strukturierten Daten II]
-Die Nummern für Artenblöcke und Unterblöcke sind rein virtuell, d. h. es gibt keine ausgedruckten Etiketten:<br>
+===References===
-*Artenblöcke: '''ZSM-ID-CollectionID''' (hier sollte evtl. noch anstatt ID etwas anderes verwendet werde (CID - CollectionID?), um identische Nummern mit Unterblöcken zu vermeiden)
+*Authmann C., Beilschmidt C., Drönner J., Mattig M. & Seeger B. (2015). VAT: A System for Visualizing, Analyzing and Transforming Spatial Data in Science. Datenbank-Spektrum 15(3): 175-184 ([http://dx.doi.org/10.1007/s13222-015-0197-y doi:10.1007/s13222-015-0197-y])
-*Unterblöcke: '''ZSM-ID-SpecimenID''' <br>
+*Rambold, G., Zedda, L., Coyle, J., Peršoh, D., Köhler, T., Triebel, D. (2016). Geographic heat maps of lichen traits derived by combining LIAS light description and GBIF occurrence data, provided on a new platform. – Biodiversity and Conservation 25(13): 2743–2751. ([http://dx.doi.org/10.1007/s10531-016-1199-2 doi:10.1007/s10531-016-1199-2])
-'''Stable Re-direct sensu CETAF:''' <br>
-is "id_service'" as  Additional convenience service
-Search for '''already published''' accession numbers:
-http://id.snsb.info/object/<Accession-Number>
-Beispiele aus ZSM:
-*http://id.snsb.info/object/ZSM-A-20010126
-*http://id.snsb.info/object/ZSM-Pis-027407
-*http://id.snsb.info/object/ZSM-PIS-YOY-234
-*http://id.snsb.info/object/ZSM-SSV130311-923AM
-*http://id.snsb.info/object/BC_EUBUG_DNA56
-*http://id.snsb.info/object/BC_GBOL_Col_FK_DNA0620
-*http://id.snsb.info/object/BC_ZSM_NEU_DNA175
-*http://id.snsb.info/object/BC_ZSM_HYM_00497
-Beispiele aus anderen Sammlungen der SNSB:
-*http://id.snsb.info/object/BSPG-AS-001-000604
-*http://id.snsb.info/object/BSPG-1971-001-000161
-*http://id.snsb.info/object/JME-1997-II-00035
-*http://id.snsb.info/object/JME-ETT-00005
-*http://id.snsb.info/object/M-0019341
-*http://id.snsb.info/object/SAPM-MA-00074
-*http://id.snsb.info/object/SAPM-PI-00355
-siehe auch unter http://cetaf.org/cetaf-stable-identifiers
-Da ist es noch für SNSB falsch eingetragen.
-'''Zusätzliche Informationen:''' <br>
-Die Information, dass es sich um die Sammlung Wolfsberger handelt, sollte vielleicht in das Feld "Depositor"? Die information, dass das Einzel-Specimen vor  dem Sterbetag von Wolfsberger gesammelt wurde, schreibt man vielleicht am besten in das Feld "Date Suppl", d. h. "before 19xx".
-=== TOP 2. DTN Projekt Hymenoptera GBOL Taxonliste mit Rote Liste Deutschland 2009ff Information ===
-http://www.diversitymobile.net/wiki/About_%22Taxon_list_of_Hymenoptera_from_Germany_compiled_in_the_context_of_the_GBOL_project%22
-Kann an GBIF angebunden werden.
-http://www.gbif.org/installation/1a540a73-a60d-4816-bff6-b1ac74b598c9
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-=== Sonstiges ===
+BSM Treffen zur Vorbereitung der Nomenclature Section, Shenzhen, China, August 2017: Agenda transfered to Word file
-Vorträge bei CETAF<br>
-* http://species-id.net/o/media/e/ec/Gloeckler_use_cases_of_stable_URIs.pdf
-* Grafik zur Datenpipeline (ppt 8) in http://species-id.net/o/media/0/04/ISTC_2017_Triebel_GFBio.pdf
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+SNSB IT Center/ ZSM entomology meeting: Agenda and minutes transfered to http://zsm-entomology.de/wiki/Meeting-2017-05-03
-* GUIDs und andere IDs werden in DiversityProjects_ZSM und DiversityCollection_ZSM verwaltet, zusammen mit zusätzlichen internen und externen IDs (z.B. BOLD BINs)
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